Pubblicato articolo su una sonda molecolare in grado di rilevare e quantificare Gnomoniopsis castanea in differenti tessuti vegetali sintomatici e non

21/07/2021 07:39:44

Development of a TaqMan qPCR assay for the detection and quantification of Gnomoniopsis castaneae in chestnut tissues

È stato sviluppato un nuovo saggio PCR in tempo reale basato sulla sonda TaqMan per la rilevazione di Gnomoniopsis castaneae, agente causale del marciume bruno delle castagne e responsabile della necrosi fogliare e del cancro della corteccia. Una parte del ciclo di vita del patogeno è endofita, colonizzando tutti i tessuti del castagno ed altri ospiti, i quali si sospetta svolgano un ruolo chiave nella sua epidemiologia. Pertanto, è necessario uno strumento molecolare per il rilevamento e la quantificazione sensibili di G. castaneae nei tessuti ospiti sintomatici e asintomatici per comprenderne meglio l'ecologia, la biologia e l'epidemiologia. I primer e una sonda specie-specifica per G. castaneae sono stati progettati in base alla sequenza del gene a copia singola elongation factor 1 alpha (EF1α). L'efficienza di amplificazione del DNA target è stata del 105,3% e il limite di rilevamento è stato calcolato a circa 40 fg di DNA fungino puro. L'agente patogeno è stato costantemente rilevato in miscele artificiali di DNA di piante e agenti patogeni con lo stesso limite di rilevamento (LOD) del DNA fungino puro. Nei campioni infetti naturalmente, il test ha rivelato rapidamente la presenza dell'agente patogeno in tutti i campioni sintomatici, nonché nei tessuti asintomatici. In particolare, è stata trovata una relazione significativa tra i risultati di un'analisi HTS metagenomica e il saggio qPCR sui DNA estratti dalla frutta sfusa. Questo strumento molecolare sarà di sostanziale aiuto nel rilevare e quantificare G. castaneae, anche allo stato endofitico, e in diversi tessuti dell'ospite.

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